Po upadku komunizmu w Europie Środkowej i Wschodniej relacje Polski i Ukrainy weszły w nowy etap historyczny. Nowa sytuacja stworzyła nowe możliwości działania i wymaga nowych inicjatyw, służących możliwie najlepszemu zagospodarowaniu przestrzeni wolności odzyskanej przez oba narody i otwarciu młodemu pokoleniu Polaków i Ukraińców perspektywy zbliżenia i trwałej współpracy, służącej konkretnym ludziom, interesom obu państw i narodów, a także dobru całego regionu Europy Środkowej i Wschodniej.

To wielkie dzieło o wymiarze europejskim jest dziś zadaniem stojącym przed elitą polityczną, która aktualnie odpowiada za podejmowane decyzje, ale docelowo zadanie to będzie realizowane przez młode pokolenie Polaków i Ukraińców. Temu pokoleniu należy stworzyć sprzyjające warunki, aby zdołało przygotować się do realizacji programu o znaczeniu historycznym. Program ten z jednej strony będzie miał wymiar ludzki i społeczny oraz gospodarczy i polityczny, z drugiej zaś – wymiar poznawczy, a zarazem jak najbardziej praktyczny.

Takiemu zamierzeniu i temu konkretnemu programowi powinno służyć powołanie wyższej uczelni, skupiającej naukowców, nauczycieli, a przede wszystkim młodzieży, mającej za zadanie kształcenie polskich i ukraińskich elit, działających na rzecz współpracy między oboma krajami; uczelni działającej długofalowo, otwartej na bieżące potrzeby kulturowe, społeczne, ekonomiczne, polityczne, ale także zdolnej do stawiania czoła jeszcze niezdefiniowanym dziś wyzwaniom przyszłości.

Europejskie Kolegium Polskich i Ukraińskich Uniwersytetów w Lublinie (EKPiUU) od początku było pomyślane jako zalążek takiej właśnie uczelni. Zostało ono powołane w 2000 roku, przy poparciu ówczesnych władz politycznych Polski i Ukrainy, przez polskie i ukraińskie uczelnie publiczne: Uniwersytet Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie, Katolicki Uniwersytet Lubelski Jana Pawła II, Narodowy Uniwersytet im. Tarasa Szewczenki w Kijowie, Narodowy Uniwersytet im. Iwana Franki we Lwowie, Narodowy Uniwersytet „Akademia Kijowsko-Mohylańska” oraz Instytut Europy Środkowo-Wschodniej.

Wymiar symboliczny miało spotkanie prezydentów Polski i Ukrainy – Aleksandra Kwaśniewskiego i Leonida Kuczmy – podczas pierwszej inauguracji roku akademickiego w Kolegium w 2000 roku. W tym samym roku, w dniu 27 października, ówczesny premier Ukrainy Wiktor Juszczenko dokonał odsłonięcia tablicy z nazwą Kolegium na budynku, który jest jego siedzibą.

W ciągu dziesięciu lat swojej działalności Europejskie Kolegium Polskich i Ukraińskich Uniwersytetów wykazało się nieprzeciętną aktywnością naukową i dydaktyczną. Wykłady otwarte dla społeczności akademickiej Lublina w ramach Kolegium wygłosili wybitni europejscy naukowcy i politycy, m.in.: Bogdan Osadczuk, Jarosław Isajewicz, Mykoła Żułynski, Adam Rotfeld, Zbigniew Kruszewski, Jerzy Kłoczowski, Jerzy Buzek, Daniel Beauvois, Paul Moreau, Chantal Millon-Delsol, Antoine Assai, Giovanna Brogi Berkoff, Oxana Pachlovska i inni. Ponadto Kolegium było organizatorem licznych konferencji, prezentacji książek i innych wydarzeń kulturalno-oświatowych. W tym czasie w ramach Kolegium przeprowadzono 105 przewodów doktorskich, które wniosły istotny wpływ w rozwój nauki europejskiej.

Podstawowym celem Kolegium było i jest kształcenie przyszłych elit polskich i ukraińskich, działających na rzecz współpracy między oboma krajami oraz znających i rozumiejących wrażliwość i specyfikę sąsiada. Szczególne miejsce w misji EKPiUU zajmuje wymiar europejski – Kolegium chce aktywnie kształtować świadomość europejską młodych Polaków i Ukraińców, a także młodych ludzi z innych krajów Europy Środkowo-Wschodniej, aby kontynuowali oni dzieło integracji europejskiej.

Kluczowym aspektem działalności Kolegium jest wprowadzenie problematyki Europy Środkowo-Wschodniej, w tym polsko-ukraińskiej, w obszar europejskich badań naukowych. Z drugiej zaś strony jego zadaniem jest sprzyjanie rozwojowi polsko-ukraińskiej współpracy naukowej, co jest szczególnie istotne w momencie, gdy granica polsko-ukraińska stała się granicą Unii Europejskiej. Przyszli absolwenci Kolegium powinni stać się rzecznikami problematyki ukraińskiej i szerzej – środkowoeuropejskiej – w integrującej się Europie.