Efektem podjętych działań było podpisanie w grudniu 2000 r. „Deklaracji w sprawie utworzenia Europejskiego Kolegium Polskich i Ukraińskich Uniwersytetów” oraz „Umowy o powołaniu EKPiUU”. Założycielami Kolegium stały dwa uniwersytety polskie – Uniwersytet Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie i Katolicki Uniwersytet Lubelski oraz trzy wiodące uniwersytety ukraińskie – Narodowy Uniwersytet im. T. Szewczenki w Kijowie, Narodowy Uniwersytet im. I. Franki we Lwowie oraz Narodowy Uniwersytet „Akademia Kijowsko-Mohylańska”, a także Instytut Europy Środkowo-Wschodniej w Lublinie. Na czele najwyższego organu Kolegium – Konwentu EKPiUU stanął prof. Jerzy Kłoczowski, dyrektor Instytut Europy Środkowo-Wschodniej, zaś pierwszym Kanclerzem Kolegium (odpowiednik rektora) została Ewa Rybałt.
Pierwsza inauguracja roku akademickiego w Kolegium odbyła się jesienią 2001 r., gdy studia w EKPiUU podjęło prawie stu młodych badaczy z Polski i Ukrainy. W inauguracji wzięli udział ówcześni prezydenci Polski i Ukrainy – Aleksander Kwaśniewski i Leonid Kuczma. Przyjęci wówczas pierwsi słuchacze EKPiUU stali się jednocześnie doktorantami jednej z pięciu publicznych uczelni Lublina: dwóch uniwersytetów założycielskich – Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej i Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego, ale także Akademii Rolniczej, Politechniki Lubelskiej i Akademii Medycznej, które również włączyły się w tworzenie Kolegium. W latach 2002-2005 do EKPiUU przyjęto łącznie kolejnych ponad 150 osób. W 2005 r. studia doktoranckie w Kolegium ukończyła pierwsza grupa doktorantów, przyjętych w 2001 r., kilkudziesięciu z nich uzyskało już stopień naukowy doktora.